Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan: Hokkaidou Hen ~ Ini adalah tahun ke-16 era Meiji. Lima tahun telah berlalu sejak Kenshin Himura menghentikan pemberontakan Makoto Shishio. Meskipun nyala api dari revolusi yang sedang tumbuh telah padam, bekas luka yang tersisa di belakangnya masih terasa di seluruh Jepang. Sisa-sisa kelompoknya — meski tersebar — masih ada. Beberapa menemukan kedamaian sementara yang lain terus berjuang. Setelah faksi yang tersisa mencoba menghidupkan kembali revolusi, pedang lama Shishio jatuh ke tangan Ashitarou Hasegawa, seorang anak yatim piatu yang tidak pernah tahu rumah. Konflik itu juga membuat Aran Inoue, seorang bocah Jepang berusia 16 tahun, setengah Amerika, dan seorang gadis bayaran bernama Asahi Kubota dengan harga yang mahal untuk dibayar, tanpa tempat lain untuk pergi. Tapi untungnya bagi orang-orang ini, dojo Kamiya selalu menjadi tempat untuk menerima pengembara tanpa mengintip masa lalu mereka. Ketiganya bersemangat untuk memulai, jadi ketika dua anggota mantan klan Asahi muncul menuntut dia kembali, Asahi menolak dan hal-hal mulai menjadi jelek. Di tengah kekacauan, anggota klan menjatuhkan paket yang berisi foto pemilik dojo, Kaoru Kamiya, yang diduga almarhum ayah dan lokasinya — Hakodate, Hokkaido. Dengan hanya informasi ini, para anggota dojo Kamiya memulai petualangan melintasi laut dengan harapan menemukan berita tentang ayah Kaoru dan alasan dia menjadi sasaran.